Llegó a Boca siendo el principal protagonista de ese mercado de pases veraniego de 2013. Lo querían todos los equipos grandes, pero fue el "Xeneize" el que se quedó con el pase de Juan Manuel Martínez, haciendo una erogación económica muy importante para el fútbol argentino. En ese momento, se le pagó al Corinthians 3.200.000 dólares por el 50 por ciento del pase.

Hoy, dos años y medio después de su llegada, el "Burrito" rescindió su contrato con la institución, luego de la reunión que mantuviera con los dirigentes y en la cual hubo un acuerdo económico, considerando que su vínculo vencía en junio del año próximo. Tras varios días de conversaciones y negociaciones, todo terminó como esperaban ambas partes. Esto último se encuentra relacionado a la necesidad del jugador de irse del club donde estaba relegado por el entrenador y la intención de la Comisión Directiva de desprenderse de un elevado contrato.

Ahora, ya es jugador libre y podrá negociar su llegada a otro club sin necesidad que el interesado tenga que pagar por su pase. Cruz Azul de México aparece como una alternativa posible; mientras que en las próximas horas, podrían reflotarse algunas chances del fútbol argentino (¿Huracán?).