Una vez más, los equipos fueron recibidos con condiciones húmedas en Suzuka mientras la lluvia continuaba cayendo, lo que provocó que los pilotos permanecieran en el pit lane al comienzo de la sesión. Pero después de que emergieron, la primera media hora de la práctica de 90 minutos vio a Hamilton liderar con un tiempo de 1m 49.489s.

Cuando quedaba una hora, Hamilton y Russell se convirtieron en los primeros pilotos en hacer el cambio de los neumáticos de lluvia a los intermedios, lo que resultó en que la pareja de Mercedes intercambiara las vueltas más rápidas a medida que las condiciones de la pista mejoraron.

Al final, fue Russell quien ganó la competencia entre ambos, marcando un tiempo de 1m 41.935s que superó el intento de Hamilton por 0.235s.

El líder del campeonato, Max Verstappen, fue el tercero más rápido, 0.851 segundos detrás de Russell, con su compañero de equipo Sergio Pérez completando los cuatro primeros.

Kevin Magnussen, cuyo compañero de equipo Mick Schumacher no participo en la sesión después de chocar contra la barrera al final de la FP1, continuó con su buena forma de viernes, con el quinto mejor tiempo en general.

Carlos Sainz fue el sexto más rápido por delante de su compatriota Fernando Alonso, que fue el más rápido en la FP1 en séptimo, con su compañero de equipo alpino Esteban Ocon más abajo en el orden en noveno.

Fue una buena sesión para Alfa Romeo, con Valtteri Bottas, quien ganó en Suzuka en 2019, el octavo más rápido, con su compañero de equipo Zhou Guanyu, décimo.

Charles Leclerc marcó un tiempo lo suficientemente bueno para el 11º, por delante del dúo de Williams formado por Nicholas Latifi y Alex Albon, que fueron 12º y 13º, respectivamente, en la tabla de tiempos.

El favorito local, Yuki Tsunoda, estaba en P14, por delante del cuatro veces ganador del Gran Premio de Japón, Sebastian Vettel, en 15°.

El dúo McLaren de Lando Norris y Daniel Ricciardo fue 16 y 17, respectivamente, por delante de Lance Stroll en P18, con el AlphaTauri de Pierre Gasly el último de los corredores en P19.

No hubo banderas rojas en la sesión, aunque vimos a los pilotos, incluidos Leclerc y Tsunoda, abrirse camino a través de la grava mientras luchaban con las difíciles condiciones.