Un 10 de abril de 1973 se creaba la Facultad de Bioquímica y Ciencias Biológicas de la Universidad Nacional del Litoral.

La institución tiene sus orígenes en la creación de la carrera de Bioquímica que comenzó a dictarse en la Facultad de Ingeniería Química (FIQ) en 1961. En esa época, los alumnos que deseaban optar por el título de Bioquímico viajaban a la Facultad de Medicina y Farmacia de la ciudad de Rosario, que en ese momento pertenecía aún a la Universidad Nacional del Litoral (UNL). Sin embargo, por diversas razones, este ciclo nunca pudo concretarse en Rosario, y en 1966 se comienza a cursar en su totalidad en la Facultad de Ingeniería Química de Santa Fe.
En 1971 el Dr. Jorge Mullor crea el Departamento de Ciencias Biológicas en la FIQ. Con el asentamiento del Departamento entre dos cátedras (Bromatología y Nutrición y Química Biológica), que estaban bajo la responsabilidad del Dr. Mullor, se gestó la estructura de lo que más adelante sería la FBCB.

Fue así que en 1972 se crea la Escuela Universitaria de Bioquímica, que junto con el Departamento de Ciencias Biológicas sirvieron de base para que al año siguiente se cree actual Facultad de Bioquímica y Ciencias Biológicas.

Desde su creación, y hasta 1981, la Facultad funcionaba en forma atomizada en la sede de la FIQ, en la actual sede de la Secretaría de Extensión, la Casa de los Números, en el actual anexo de la FIQ, el Departamento de Pedagogía Universitaria, en el hospital Cullen, en el Hospital Iturraspe y hasta en la cocina del comedor universitario, entre otros.
En 1981 comienza el traslado de las primeras cátedras y laboratorios a la Ciudad Universitaria, proceso que permanece en la memoria de muchos de sus protagonistas debido a que fue un proceso largo y arduo.
Poco a poco las condiciones edilicias se fueron adaptando para que todas las cátedras y laboratorios funcionen en la Ciudad Universitaria, luego de mucho esfuerzo y constancia.


Luego de una larga dictadura en la Argentina, la vuelta a la democracia en 1982 inaugura una etapa de profundas transformaciones. Se reestablece la autonomía y el cogobierno en las universidades nacionales, se instalan propuestas que apuntan a democratizar la educación y se posibilita el retorno de muchos investigadores exiliados. Estos factores colaboraron para que el crecimiento de la FBCB fuera exponencial.

El 23 de marzo de 1987 se aprueba el proyecto de Creación del Instituto de Tecnología Biológica, cuyo objetivo central será ofrecer respuestas a las necesidades regionales. Poco tiempo después se comienza a dictar el Doctorado en Ciencias Biológicas con dos orientaciones posibles: Doctor en Tecnología Biológica y Doctor en Bioquímica.

El 21 de diciembre de 1990 se dispuso que la Escuela Superior de Sanidad “Dr. Ramón Carrillo” (ESS) dependa de la FBCB. Esta Escuela tiene sus orígenes en la primera Escuela de Sanidad del país, creada el 7 de diciembre de 1946 y contaba con una larga tradición en el dictado de carreras de pregrado y cursos de posgrado orientados a la salud.

Con esta incorporación comenzó un proceso de cambio en la oferta académica de la ESS, ya que se transformaron carreras de pregrado en carreras de grado como las licenciaturas en Terapia Ocupacional, en Administración de Salud, en Saneamiento Ambiental, y se inauguró también la Licenciatura en Higiene y Seguridad en el Trabajo. También se crearon nuevos cursos de posgrado como Medicina del Trabajo, Intervención en Estimulación Temprana, entre otros.
La integración posibilitó que la Facultad pudiera volcar a la Escuela la experiencia de la formación de grado. Y la Escuela le brindó a la Facultad un cúmulo de conocimientos en cuanto a salud pública y áreas sociales, que la FBCB no tenía. Esto imprimió una nueva identidad a las carreras ofrecidas por la facultad, que ahora cuentan con una visión global de la salud.
En 1995 se crean la Maestría en Didáctica de las Ciencias Experimentales y el Doctorado en Física, en 1997 se aprueba el plan de estudios de la Carrera de Licenciatura en Biotecnología y posteriormente, el de la Licenciatura en Nutrición.


Desde el punto de vista académico, a través de la creación del Programa de Carreras a Término en el año 2000, se incorporaron carreras de formación técnico-profesional de pregrado y ciclos de licenciatura dictadas bajo modalidad semipresencial o a distancia como la Licenciatura en Educación Especial, en Educación Física o en Enfermería, Tecnicatura en Podología, en Prevención de Incendios o en Estadísticas de Salud, entre otras.
A su vez, luego de un largo proceso de evaluación, la Comisión Nacional de Evaluación y Acreditación Universitaria (CONEAU) otorgó en 2005 la máxima acreditación a la carrera de Bioquímica de la FBCB.

Por otra parte, la década del 90 la FBCB incubó la primera empresa de base tecnológica que funcionaría en Argentina en una universidad pública. A través de un aporte de la Unión Europea y de la Secretaría de Ciencia y Técnica de la Nación, se instaló y equipó el Laboratorio de Cultivos Celulares, con el proyecto de elaborar Eritropoyetina Humana Recombinante (EPO), una hormona que utilizan los pacientes con insuficiencia renal crónica. Hacia el año 2001 se comenzaron a producir las primeras partidas de EPO, se creó una planta piloto y se compró nuevo equipamiento.
Ya en el año 2010, la empresa logró su radicación definitiva en el Parque Tecnológico Litoral – Centro, emplea 80 profesionales de la Facultad, junto a otras 150 personas. Puede producir un kilo de EPO al año, 12 veces más que el consumo anual argentino.

Este año la Facultad participó de un nuevo hito en investigación: la obtención en el Laboratorio de Tecnología Vegental de plantas transgénicas capaces de tolerar condiciones de sequía y salinidad; en otras palabras, capaces de sobrevivir en condiciones muy desfavorables.
El hecho trascendió a partir de la firma de un nuevo convenio entre Bioceres, Conicet y UNL que se suscribió con la presencia del Ministro de Ciencia y Técnica de la nación y --a través del sistema de videoconferencias-- la presidenta Cristina Fernández de Kirchner. Asimismo, este desarrollo científico podrá ser comercializado internacionalmente a partir de una rúbrica entre la empresa estadounidense Arcadia Biosciences y Bioceres. La patente fue otorgada en cinco países: Argentina: Estados Unidos, India, México y Brasil.