Cortese se puso al frente de la tabla de tiempos en su undécima vuelta cuando aún quedaba bastante de sesión y ya no se bajó del primer puesto. Viñales lo intentó por todos los medios para lograr su primera 'pole', pero sus intentos fueron en vano. Al menos logró colocarse en la primera fila, cosa que no logró Fenati, que estuvo más discreto. La primera línea la completó el piloto local Miguel Oliveira, quien será un duro rival el domingo por lo bien que se desenvuelve en el trazado de Estoril.

Tras Maverick Viñales el más rápido entre los españoles fue Luis Salom, con el séptimo mejor tiempo a un segundo de Cortese y por delante de Efrén Vázquez, mucho más adaptado a su nuevo chasis FTR para la Honda y Héctor Faubel, que parece reencontrarse con su mejor estilo de pilotaje sobre la Kalex KTM.

En la decimotercera posición acabó Adrián Martín, quien por la mañana sufrió una fuerte caída en la que dañó seriamente su FTR Honda y por eso que en los oficiales vespertinos los plásticos de su moto fuesen completamente negros al no darle tiempo a sus mecánicos a concluir el diseño de todos sus patrocinadores.