Se trata de un sistema descentralizado, lo que significa, según sus creadores, que los usuarios no tienen que temer que una sola compañía monopolice su comunicación.
El timeline, así como el de Twitter, se muestra de manera cronológica y por defecto es público, aunque se puede configurar para que no lo sea.
Como alternativa a las redes sociales comerciales, Mastodon no monitoriza la actividad de sus usuarios ni muestra publicidad.
Mastodon cuenta con un equipo de personas que se encarga moderar el contenido, ya que los mensajes que hacen apología de la violencia, son racistas, sexistas o muestran excesiva publicidad están prohibidos.