El pasado 9 de noviembre de 2019 Colón jugó el partido más importante de su historia, ya que como nunca antes estuvo tan cerca de lograr su primera estrella, pero perdió la final de la Copa Sudamericana ante Independiente del Valle por 3-1, en La Nueva Olla, de Asunción (Paraguay).
A las pocas horas Colón, con el apoyo de Técnico Univesitario, hizo un reclamo por la mala inclusión del arquero Jorge Pinos, pero no por una irregularidad sino por "fraude deportivo".
Sin embargo, el Tribunal de Disciplina de la Conmebol decidió no hacer lugar al pedido de Colón. Así se informó: 1º. NO HACER LUGAR a la denuncia presentada por el Club Atlético Colón en fecha 12 de noviembre de 2019 por improcedente. 2º. CONFIRMAR el resultado del partido de fecha 9 de noviembre de 2019, entre el Club Independiente del Valle vs. Club Atlético Colón, correspondiente a la Final de la CONMEBOL Sudamericana 2019 por el marcador de 3 a 1 a favor del Club Independiente del Valle. 3º. NOTIFICAR al Club Atlético Colón, al Club Independiente del Valle y a la Dirección de Competiciones de Clubes de la CONMEBOL.
Pero Colón reveló que apelaría dicha disposición, con el siguiente comunicado: "El Club Colón rechaza la Decisión del Tribunal de Disciplina de Conmebol. Se pedirán los fundamentos de la misma para la apelación correspondiente (art. 54.6 R.D.C.)".
Se puso al frente de las gestiones el doctor Luis Hilbert, quien fuera vicepresidente de Colón durante la presidencia de Germán Lerche. Incluso, el presidente José Vignatti destacó: "Para nosotros la final en Paraguay no terminó, está absolutamente comprobado que el jugador de Independiente del Valle (Jorge Pinos) «fue mal incluido» y hay que demostrarlo y eso es lo que estamos tratando de hacer. Nosotros reclamamos ante las autoridades correspondientes y lo seguiremos haciendo, pero no es de la mañana a la noche, lleva su tiempo".
Y este lunes se conoció que Conmebol le dio lugar a la apelación que realizó Colón, que más allá de que encuentre una negativa de parte de dicho Tribunal, tiene decidido llevar el caso ante la FIFA o el TAS. Es más, un dato positivo es que se conoció que la Federación Ecuatoriana de Fútbol (FEF) removió del cargo a su presidente, Francisco Egas, por "constantes violaciones estatutarias" como el sobrepasar el presupuesto para contratar al neerlandés Jordi Cruyff para dirigir a la selección nacional.