El domingo 14 de mayo tuvieron lugar las segundas elecciones presidenciales tras la restauración democrática. Menem obtuvo una amplia victoria con las listas de electores que lo apoyaban en los veinticuatro distritos recogiendo el 48,51% de los votos positivos contra el 37,10% logrado por el total de las listas que apoyaban a Angeloz, y un 7,17% obtenido por Alsogaray. Menem obtuvo mayoría propia en el Colegio Electoral, con 312 votos a su favor contra 234 de Angeloz, 33 de Alsogaray y el resto distribuido en partidos menores.
En contraste con las elecciones anteriores, que demostraron una división geográfica entre provincias inclinadas al radicalismo y provincias inclinadas al justicialismo, en esa ocasión el FREJUPO triunfó en casi todo el país, excepto en los bastiones radicales de Córdoba y Capital Federal, así como en Salta y Chubut, donde ganó Angeloz. Logró imponerse en distritos hasta entonces tradicionalmente esquivos al peronismo, como Corrientes y Río Negro, y obtuvo más de dos tercios de los votos en su provincia natal, La Rioja. El PJ y sus aliados electorales lograron además obtener el control del Congreso de la Nación, con 128 diputados sobre 254 y 28 senadores sobre 46.
Si bien las elecciones estaban previstas para octubre, fueron adelantadas por la situación del país y finalmente celebradas el 14 de mayo de 1989. La fórmula Carlos Menem-Eduardo Duhalde del Frente Justicialista Popular logró un amplio triunfo en primera vuelta, con el 47,49 por ciento de los votos. Derrotó de esta manera la fórmula radical que componían Eduardo Angeloz y Juan Manuel Casella, que obtuvieron el 32,5 por ciento de los votos. Menem recibió la banda presidencial de manos de Raúl Alfonsín el 8 de julio.
Tras la reforma constitucional de 1994 que acortó el mandato presidencial a 4 años y habilitó la posibilidad de reelección, las elecciones se realizaron el domingo 14 de mayo y triunfó la fórmula del PJ integrada por Menem -habilitado para un nuevo mandato- y Carlos Ruckauf con el 49,94 por ciento de los sufragios, seguido por el Frepaso que presentó el binomio José Octavio Bordón-Carlos "Chacho" Alvarez, que obtuvo el 28,37 por ciento de los votos; y la Alianza Cívico y Social que llevó como candidato a presidente a Horacio Massaccesi y logró el 16,75 por ciento. El 8 de julio, Menem asumió su segundo mandato.