Colón perdió la categoría luego de caer por 1-0 ante Gimnasia y Esgrima de La Plata, en el Estadio Marcelo Bielsa de Rosario. El equipo santafesino sumó un nuevo descenso a su historial y jugará en la Primera Nacional en el 2024.
Colón tiene tres descensos en su historia, desde 1948. En 1959 se produce el primer descenso del Sabalero, que estaba jugando en el Campeonato de Primera División B del fútbol argentino. El equipo santafesino quedó último en la tabla con 20 puntos en 34 jornadas disputadas; con 7 triunfos, 6 empates y 21 derrotas. En 1964 retornaría a la Primera B luego de una reestructuración de la categoría desde la AFA que decidió ascender a nueve equipos; All Boys, Almagro, Argentinos de Quilmes, Colón, Defensores de Belgrano, El Porvenir, Excursionistas y Talleres (RdE).
En 1981 se produce el segundo descenso en la historia de Colón. El Sabalero quedó en la última posición, 18°, luego de 34 jornadas. Sumó 20 puntos luego de 6 triunfos, 9 empates y 19 derrotas. Al final de esa temporada el equipo santafesino debía pelear todos los puntos posible para torcer la mala racha, pero una mala decisión en el partido ante Boca hipotecó su futuro. En aquel encuentro Colón se quedó con diez jugadores y los nueve restantes decidieron abandonar el campo de juego en protesta al desempeño de Juan Carlos Loustau, árbitro del partido. La AFA sancionó severamente a los jugadores que voluntariamente se fueron del campo y esto mermó las chances de seguir siendo competitivos el resto de los partidos. En 1995 logró volver a la máxima categoría del fútbol argentino tras derrotar a San Martín de Tucumán por 4-1 en el global.
En la temporada 2013-2014 se produce el último descenso de Colón de Santa Fe. El Sabalero tuvo una pésima campaña dónde logró tan solo 12 puntos en 19 partidos disputados; con 3 triunfos, 3 empates y 13 derrotas. Además le descontaron 6 puntos por una disposición de FIFA por una deuda económica con el Atlante de México. Regreso a la Primera División tras ganar la Zona A de la B Nacional.
En diciembre de 2023 Colón descendió, una vez más, tras jugar un partido desempate ante Gimnasia de La Plata, en Rosario. Ambos equipos habían igualado en la tabla anual acumulada con 45 puntos y debieron definir, en el Estadio Marcelo Bielsa, al último equipo en dejar la categoría. El Lobo se impuso 1-0 con un gol de Nicolás Colazo y condenó al Sabalero a la Primera Nacional.