Unión anunció en sus redes sociales que se decidió ponerle punto final al ciclo de Gustavo Munúa como entrenador, luego de que los hinchas estallaran no solo en la cancha tras la derrota ante Racing, sumado a lo que ocurrió en redes sociales tras la caída ante River en el Más Monumental.
El 4 de octubre del 2021, Gustavo Munúa se puso al frente del plantel de Unión, y tuvo su estreno en la derrota de Unión frente a Platense por 2-1, en el estadio 15 de Abril. Se fue perdiendo en el Más Monumental contra el Millonario por 1-0.
En el tramo final del 2021, luego de algunos vaivenes, pudo conducir al equipo a un resonante triunfo ante Colón por 3-0, en el clásico santafesino, donde además consiguió la clasificación para disputar la Copa Sudamericana 2022.
En el certamen internacional, cosechó triunfos en Bolivia ante Oriente Petrolero y contra Junior en Barranquilla, en tanto que sumó un heroico empate en el Maracaná ante Fluminense. Se quedó con su grupo, pero quedó eliminado en los octavos de final, tras sendas derrotas contra Nacional, el club donde surgió futbolísticamente Munúa.
Mientras que en la Copa de la Liga Profesional de 2022 no pudo llegar a la fase final, y en el Torneo de la Liga Profesional arrancó peleando los primeros lugares, y terminó en los últimos puestos de la tabla de posiciones, sin el objetivo de meterse entre los clasificados para disputar competencias internacionales en este 2023. Mientras que en la Copa Argentina quedó eliminado rápidamente frente a Banfield, quien le dio vuelta el partido en San Nicolás.
Durante su gestión, en tanto, se vendieron jugadores a valores históricos para el club, ya que Gastón González fue transferido al Orlando City de la Major League Soccer de Estados Unidos, Juan Carlos Portillo a Talleres y Juan Ignacio Nardoni a Racing.
Unión, con el uruguayo como director técnico, registró en 71 encuentros 22 victorias, 19 igualdades y 30 caídas. Su equipo anotó 76 goles y le convirtieron 82 (-6). La efectividad fue solo del 38.5%.